بهره گیری از سازوکار مناطق آزاد به عنوان یکی از ابزارهای توسعه صادرات، جذب سرمایه گذاری خارجی انتقال فناوری های جدید توسعه محلی و منطقه ای مدنظر قانونگذار بوده است. این مناطق جهت دستیابی به اهداف خود نیاز دارند که با مقررات اداری سهل و آسان نسبت به سرزمین اصلی به اهداف خود برسند. از این رو هر گونه قانونگذاری و قاعده گذاری جدید برای مناطق آزاد کشور نباید اصول کلی و فلسفه ایجاد این مناطق را نقض کند. طرح اصلاح ماده (2) و بند «ج» ماده (4) قانون چگونگی اداره مناطق آزاد تجاری صنعتی در پی این هدف است که نحوه هزینه کرد درآمدهای سازمانهای مناطق آزاد تجاری - صنعتی شفاف شود و نهادهای نظارتی بتوانند بر بودجه این مناطق نظارت کنند. با توجه به جلسات کارشناسی برگزار شده در خصوص این طرح و نظرات سازمانهای تخصصی در خصوص طرح مذکور و با توجه به اصل وجودی و فلسفه ایجاد این مناطق نتیجه گیری شد که باید با سازوکاری بر بودجه این مناطق نظارت کرد. که از طرفی این مناطق را دچار رویه جدیدی نکند و از طرف دیگر امکان نظارت بر دخل و خرج سازمانهای مناطق آزاد نیز فراهم شود. لذا با توجه به موارد گفته شده پیشنهادهایی در انتهای گزارش ارائه شده است.