بر اساس بند ج ماده 4 قانون چگونگی اداره مناطق آزاد تجاری - صنعتی، تصویب برنامه و بودجه سازمان‌های مناطق آزاد بر عهده هیئت وزیران به عنوان مجمع‌عمومی است. بر این اساس برنامه و بودجه سازمان‌های مناطق آزاد مشتمل بر احکام و تبصره‌های بودجه، درآمدها و هزینه‌ها، منابع و مصارف سازمان‌های مناطق برای اجرا در سال 1390 و همچنین اصلاح برنامه و بودجه سال 1389 طی این سند به تصویب هیئت‌وزیران رسیده است.